1病原方面
目前，猪群健康的最大障碍是原发性病毒感染。病毒感染(含隐性感染)后的细菌性续发感染几乎是个规律性问题。临床兽医一般只重视对症处理，但往往停药后反复出现类似症状。只要病毒感染不解决，细菌感染问题就会反复出现。动物机体内感染的病毒几乎没有任何药物可以将其直接杀灭，而只能由动物本身的免疫细胞、亚细胞成分及其分泌物来把病毒消灭
同一病毒存在基因型或血清型不同，毒株间几乎没有交互免疫力的情况，如猪繁殖与呼吸综合征病毒、口蹄疫等。猪群普遍感染的多种病毒，如伪狂犬病毒、圆环病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等都能严重摧毁动物免疫系统的功能。
2猪体方面
饲料中的霉菌毒素，如黄曲霉毒素Bi、赭曲霉素等，重金属，如汞、铅等，工业化学物质，如过量的氟等以及机体代谢紊乱所产生的内毒素都能毒害和干扰机体免疫系统正常的生理机能。大量放射线辐射动物，如长期的紫外线灯照射，可杀伤骨髓干细胞而破坏其骨髓功能，结果因严重损伤造血干细胞而导致造血功能和免疫功能丧失。
有些药物，如地塞米松等糖皮质类药物，氯霉素、四环素等，即使在治疗量水平也能抑制免疫系统。抗生素类抗菌药物长期大量的使用，可惰化机体免疫活动，破坏机体的平衡状态，损害免疫能力。
营养与免疫的关系错综复杂，千丝万缕。某些营养元素的过多或缺乏，不论是基础的营养物质，还是必须的营养元素，甚至微量的营养物质，都直接或间接地引起动物机体免疫组织和免疫器官的损伤。
已证明，在过冷、过热、拥挤、分娩、断奶、运输等应激状态下，畜禽体内会产生热应激蛋白等异常代谢产物。同时，某些激素，如类固醇水平也会大幅提高，他们会影响淋巴细胞活性，引起明显的免疫抑制。
许多病原微生物均可诱导机体产生明显的免疫抑制，如猪瘟病毒、蓝耳病病毒、猪肺炎支原体等。
仔猪出生是通过吃母乳获得免疫球蛋白来抵抗病原微生物侵害的。随着日龄的增长，猪逐渐完善自己的免疫系统。一般仔猪70日龄后才能完善自己的免疫功能，即机体才能有效地保护自身，抵抗病原微生物的侵入。然而早期断奶技术是在仔猪本身的主动免疫还未建立，而母源抗体的被动免疫却突然停止，仔猪机体处在免疫空白期进行的，此阶段大约4星期。此时仔猪处于内、外高度应激状态，即环境应激、营养的不适应，心里精神的打击和机体生理发育不健全，主要是免疫能力的不足。所以，35—70日龄的仔猪是最脆弱的，各种病原微生物乘虚而入，常在菌也大量繁殖而使机体发病。
事实证明，引起发病的各种因素之间并不是孤立的，往往相互促进，互为因果，从而使各种疾病的病因变得非常复杂。这也是目前养猪生产中猪病难以诊断和防治的根本原因所在。因此，要想解决疾病防治难的问题就必须采取综合防治措施。加强猪的饲养管理，在控制猪群食入安全和居住环境舒适及心情愉悦的基础上，合理地使用药物和疫苗。
3人为原因
目前，我国虽有部分生产企业通过兽药生产质量管理规范( GMP)认证，但兽药质量仍不容乐观。
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